住所：愛媛県今治市別宮町3‐1　　　　　　

　　　　　　宗派：真言宗御室派

　　　　　　本尊：大通智勝如来

　　　　　　真言：「なむ だいつぅち しょうぶつ」

　　　　　　詠歌：「このところ 三島に夢の 醒めぬれば 別宮とてとも 同じ垂迹」

　　　　　　縁起：今治沖に大三島と言う島があります。そこの大山祗（おおやまずみ）神社は、瀬戸内海でも安藝の宮島と並ぶ代表的なお宮ですが、奈良時代にその大山祗（おおやまずみ）神社の別宮をこの地に遷したのが、只今の南光坊です。昔はどこでも神様と仏様を合わせてお祀りしたものですが、明治時代、神と仏を分けてお祀りした名残で、今もお宮と並んで建っております。
昭和20年、戦災のため本堂、薬師堂、鐘つき堂などが焼けてしまい、ご本尊は大師堂に併せて祀られています。